La fundación del oratorio (actualmente Abadía) se le atribuye al obispo Aubert d´Avranches, obispo de Avranches en el siglo VIII. El obispo vivió en Francia y murió aproximadamente en entre los años de 720 y 725, Según la literatura, se describe que en el año 708, tuvo tres visiones en las cuales San Miguel Arcángel le indicaba que debía construir un oratorio en la isla cerca del río Couesnon, llamada en aquel entonces «Mont Tombe«.

En la historia, se dice, que Aubert hizo caso omiso a las dos primeras visiones, hasta que en la tercera, San Miguel ejerció presión con su dedo en la frente del obispo, dejándole una marca, con lo cual al despertar el se dio cuenta que sus visiones eran verdaderas. Según el Arcángel Miguel, el oratorio debería ser una réplica del Santuario ubicado en el Monte Gargano, en Italia. Después de eso, el obispo inició con la construcción y envió a algunos monjes al Monte Gargano, en busca de reliquias con las que se pudiera santificar el lugar.

La consagración del oratorio tuvo lugar el 16 de octubre de 709, terminándose la construcción al año siguiente y quedando instalado allí un capítulo de doce canónigos. Se cambió el nombre de Mont Tombe por el de «Mont-Saint-Michel-au-péril-de-la-Mer».

Actualmente, los restos del oratorio ha sido encontrados en la capilla de Notre-Dame-Sous-Terre, bajo la nave de la abadía actual. Se nos presenta como una capilla-relicario que alberga la tumba del fundador, Aubert y las reliquias traídas desde Monte Gargano.

La reliquia del cráneo de Aubert con un orificio donde se supone que el arcángel metió en él su dedo, puede verse en la Iglesia de Saint-Gervais-et-Saint-Protais en Avranches. Desde fechas recientes se especula con que se trate de un cráneo prehistórico que presente evidencias de trepanación.

Aubert d’Avranches es considerado como santo en la Iglesia católica. Su festividad se celebra el 10 de septiembre. Según la tradición, está enterrado bajo la abadía.